Quantifier le degré de transmissibilité des variants du COVID-19
Comme l’illustre la découverte du nouveau variant Omicron, de nouveaux variants du COVID-19 vont continuer à apparaître régulièrement. Afin de donner un sens à ces nouveaux variants, les scientifiques du Laboratoire national de Los Alamos ont mis au point des méthodes permettant de quantifier leur degré de transmissibilité, ce qui pourrait avoir des implications considérables pour la santé publique en matière de risque lié au COVID-19 et des niveaux de vaccination nécessaires pour obtenir une immunité de groupe.
Des méthodes pour quantifier le degré de transmissibilité
« Généralement, les nouveaux variants du COVID-19 sont simplement discutés en matière de dangerosité ou de propagation plus rapide que les souches précédentes », a déclaré Ethan Romero-Severson, épidémiologiste informaticien.
« Nous avons montré qu’il est possible de calculer l’avantage de transmission des nouvelles souches tout en tenant compte des explications alternatives telles que la migration et la dérive génétique aléatoire. Notre ensemble de méthodes nous permet d’examiner à la fois la situation mondiale de manière générale et des pays spécifiques, de manière plus détaillée en utilisant des données des séquences génétiques accessibles au public. »
Cette recherche de Los Alamos est « une méthode d’intégration de la surveillance épidémiologique moléculaire dans les systèmes de surveillance utilisant des flux de données disponibles publiquement », a noté Romero-Severson.
Deux approches complémentaires
L’équipe a utilisé deux approches distinctes mais complémentaires. La première est dérivée des méthodes classiques de la génétique des populations qui établissent un lien entre la transmissibilité accrue d’un variant du COVID-19 et la fréquence attendue de ce variant dans la population au fil du temps.
« Nous avons modifié ce modèle pour y inclure la migration comme explication alternative possible de l’augmentation de la transmissibilité et l’avons mis en œuvre dans un cadre de modélisation hiérarchique qui nous a permis d’estimer l’effet de sélection unique pour chaque variant dans chaque pays où il est apparu », a-t-il déclaré.
La seconde méthode, plus détaillée, a utilisé un modèle épidémiologique stochastique (tenant compte de l’incertitude) pour prédire à la fois les changements dans les fréquences des variants du COVID-19 et les décès au fil du temps, en tenant compte de la variation naturelle et aléatoire du virus à la fois entre et dans les pays au fil du temps.
Des approches très efficaces
Ensemble, ces approches ont montré que le modèle d’émergence et d’augmentation des variants du COVID-19 dans le monde était déterminé par une forte augmentation de la transmissibilité du virus au fil du temps. Ces méthodes ont aussi clairement établi que la détection précoce des variants préoccupants est possible même lorsque la fréquence globale des nouveaux variants est aussi faible que 5 %.
Cette recherche a été publiée dans Nature Communications.
Source : Los Alamos National Laboratory
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